La ciudad fue fundada por Josep Smith, y nombrada por él del idioma hebreo Sefardí con ortografía anglosajona, palabra que proviene del libro de Isaías4: «¡Cuán hermosos son sobre los montes...!». El aspecto religioso que dominaba el pasado de Nauvoo ha perdido ímpetu hoy en día, ahora es una región primordialmente productora de vino, teniendo el viñedo más antiguo del estado.
El territorio que hoy ocupa Nauvoo estaba ocupado por una colonia de indios de las tribus de Fox y Sac llamada Quashquema hasta que fueron trasladados por la Remoción India de 1824.9 El condado de Hancock fue creado en 1825 y organizado formalmente en 1829, once años después de que Illinois se hiciera un estado.
A comienzos de 1839, los miembros de la Iglesia de Jesucristo de los Santos de los Últimos Días que huían de Misuri como resultado de la Guerra mormona de 1838, y una proclamación legal conocida como la orden de exterminación, dictada por el entonces gobernador de ese estado, Lilburn W. Boggs, arribaron a Quincy.11 Los habitantes de Quincy, sorprendidos por el áspero trato de sus vecinos en Misuri, abrieron su ciudad y sus puertas a los refugiados.
La ciudad continuó creciendo a medida que más Santos de los Últimos Días se congregaban en el área. En pleno apogeo, la población de Nauvoo, aunque de menor tamaño que Chicago hoy en día, era de igual magnitud que Quincy y que Springfield (Illinois). Muchos de los nuevos conversos provenían de las Islas Británicas, como resultado de las misiones en Europa. Se publicaron dos periódicos en la ciudad, uno religioso y que pertenecía a la iglesia, el Times and Seasons y uno secular e independiente, editado por el hermano de Joseph Smith, William Smith, llamado The Wasp -renombrado luego al Nauvoo Neighbor. Aunque existiera solo en los documentos, se estableció una universidad, siendo Bennett su rector. Las reuniones de la iglesia por lo general ocurrían al aire libre en los alrededores del templo, que estaba aún en construcción.
